Perencanaan anggaran program studi dituangkan dalam Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA) UIN Sunan Ampel Surabaya dengan rincian yang tergambar dalam dokumen Rencana Kerja dan Anggaran Kementerian/Lembaga (RKAKL). Program studi mengusulkan berbagai program dan kegiatan dalam naungan fakutas.

Dalam perencanaan anggaran, Prodi Sistem Informasi mengikuti tahapan tahapan sebagai berikut:

1. Usulan kegiatan dirumuskan dalam bentuk TOR (Term of Reference) sebagai syarat untuk dibuatkan rencana anggaran dan biaya (RAB) yang diusulkan kepada pimpinan fakultas. Secara berjenjang pihak fakultas akan mengumpulkan dan mengusulkan kepada bagian perencanaan universitas. Format TOR mengikuti standard ketentuan dari bagian perencanaan Universitas untuk menjadi bahan review atau baseline kinerja dari sebuah kegiatan sebagai bentuk tindak lanjut dari penganggaran berbasis kinerja.
2. Bagian perencanaan Universitas merespon usulan-usulan yang sudah diterima dari berbagai prodi dengan memberikan catatan-catatan terkait alokasi anggaran.
3. Pihak fakultas melakukan penyelarasan antara kegiatan yang diusulkan Prodi dan anggaran yang dialokasikan dengan merevisi usulan yang sudah diajukan. Kegiatan koordinasi tersebut antara lain:
   1. Usulan RKAKL Fakultas Saintek 2017 pada tanggal 16 Januari 2017 dengan nomor surat B-32/Un.07/07/D/KS.00/1/2018
   2. RKAKL Indikatif Fakultas Saintek 2019 pada tanggal 16 Agustus 2018 dengan nomor surat B-1637/Un.07/08/D/KS.00/038/2018
4. Usulan kegiatan yang sudah direvisi oleh prodi diusulkan kembali ke bagian perencanaan Universitas melalui fakultas. Usulan yang telah direvisi tersebut ditelaah kembali dan direspon oleh bagian perencanaan universitas. Apabila ada yang perlu direvisi lagi terkait usulan tersebut, pihak fakultas akan membicarakannya kembali dengan prodi. Prodi merespon dengan merevisi kembali usulan kegiatan. Apabila usulan kegiatan diterima, pihak fakultas akan memberitahukan kepada prodi untuk selanjutnya ditindaklanjuti prodi dengan membuat forecast kegiatan yang sudah diusulkan sebelumnya. Kegiatan pada tahap ini antara lain:
   1. Revisi RKAKL Fakultas Saintek 2018 pada tanggal 22 Maret 2018 dengan nomor surat B-621/Un.07/04/D/KS.00/04/2018
   2. Usulan Revisi RKAKL Fakultas Saintek 2018 pada tanggal 03 April 2018 dengan nomor surat B-719/Un.07/04/D/KS.00/04/2018
5. Setelah usulan kegiatan diterima dan masuk dalam Rencana Kegiatan Anggaran-Kelembagaan dan Lembaga (RKA-KL), prodi membuat forecast (Rencana Penarikan Dana) kegiatan dengan format yang sudah ditentukan oleh universitas.

Hasil perencanaan penerimaan dana Program Studi tahun 2017 sampai dengan tahun 2019 tercantum 

Rencana Kegiatan Anggaran-Kelembagaan dan Lembaga (RKA-KL).

Pengelolaan anggaran dilakukan Prodi Sistem Informasi dilakukan sebagai berikut:

1. Semua dana dari berbagai sumber diterima secara langsung oleh universitas yang selanjutnya disalurkan melalui fakultas dan diterima oleh prodi.
2. Prodi Sistem Informasi mengelola anggaran sesuai dengan alokasi yang tertuang dalam RKAKL (Rencana Kegiatan Anggaran-Kementerian dan Lembaga) setiap tahunnya.
3. Prodi diberi kewenangan mengelola/menggunakan secara mandiri segala kegiatan dan keuangan yang tertuang dalam RKA-KL Fakultas.
4. Penggunaan anggaran didasarkan pada TOR yang sudah diusulkan ketika perencanaan anggaran. TOR yang sudah ada digunakan sebagai pedoman untuk menyusun SK kegiatan sebagai dasar pelaksanaan kegiatan.
5. Penggunaan dana dan pendistribusiannya juga mengacu pada TOR dana RKA-KL berdasarkan alokasi anggaran yang telah ditetapkan.
6. Setelah pelaksanaan kegiatan, program studi wajib melaporkan hasil pelasanaan kegiatan dalam sebuah laporan yang biasa disebut dengan Laporan Pertanggungjawaban (LPJ) dan Surat Pertanggungjawaban Keuangan (SPJ). LPJ dan SPJ sebagai bentuk akuntabilitas atas kinerja atau keluaran sebuah kegiatan yang pelaksanaanya didasari oleh TOR yang dibuat sebelumnya.

Dari tahapan pengelolaan anggaran secara rinci dapat disajikan contoh kegiatan Penguatan Praktikum Mata Kuliah Pemrograman dan Database serta Pemberian Sertifikasi Tahun Anggaran 2016.

1. RKA-KL: Kompetensi Prodi Sistem Informasi Penguatan Praktikum Mata Kuliah Pemrograman dan Database serta Pemberian Sertifikasi Tahun Anggaran 2016 yang megacu pada mata anggaran dalam RKAKL kegiatan kode 2132.010.308.004.B.
2. TOR: : Kompetensi Prodi Sistem Informasi Penguatan Praktikum Mata Kuliah Pemrograman dan Database serta Pemberian Sertifikasi Tahun Anggaran 2016
3. Surat Penandatangan Kerjasama Sertifikasi BNSP antara Fakultas Saintek dengan LSP LPK Inixindo
4. Pelaksanaan Kegiatan: Pelaksanaan kegiatan dilaksanakan sesuai dengan timeline waktu yang telah disepakati. Dalam kegiatan ini dilaksanakan pelatihan terlebh dahulu sebelum dilaksanakan assesment untuk dalam program sertifikasi ini. Pada kegiatan ini kompetensi yang disertifikasikan adalah Administrasi Database menggunakan bahasa SQL. Dibawah adalah salah satu foto kegiatan pelatihan oleh bapak Yusuf Rizal dari Inixindo Surabaya.
5. Laporan Kegiatan: Sebagai pelaksana kegiatan program studi wajib melaporkan hasil pelasanaan kegiatan dalam sebuah laporan yang biasa disebut dengan Laporan Pertanggung Jawaban (LPJ). LPJ sebagai bentuk akuntabilitas atas kinerja atau keluaran sebuah kegiatan yang pelaksanaanya didasari oleh TOR yang dibuat sebelumnya.

Selain membuat LPJ disusun pula laporan (Surat) Pertanggungjawaban keuangan atau yang biasa disebut dengan (SPJ). Yang tercantum dalam SPJ antara lain:

1. Kuitansi
2. Berita Acara Serah Terima Pekerjaan
3. Ringkasan Kontrak
4. Surat Setoran Pajak
5. Daftar Rincian Permintaan Pembayaran Internal (DRPP)

Untuk mendukung monitoring dan evaluasi pelaksanan anggaran ini, pada level prodi juga harus melakukan pelaporan berkala atas realisasi kegiatan dan anggaran. Pelaporan realisasi tersebut terangkum pada level fakultas yang menandingkan pagu per kegiatan dan anggarannya, serta kendala realisasi sebagaimana contoh berikut

Monitoring dan evaluasi tercantum dalam laporan realisasi anggaran triwulan dan secara lengkap dituangkan dalam dokumen evaluasi pelaksanaan program dan anggaran. Pelaporan atas realisasi penerimaan dan pengalokasian dana selama tahun 2017-2019 Prodi Sistem Informasi Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sunan Ampel Surabaya yaitu:

1. Pada tahun 2017, pelaporan realisasi penerimaan dan pengalokasian dana adalah 99%
2. Pada tahun 2018, pelaporn realisasi penerimaan dan pengalokasian dana adalah 92%
3. Pada tahun 2019, pelaporn realisasi penerimaan dan pengalokasian dana adalah 94.85%